CpG island methylator phenotype (CIMP)란 대장암 암발생기전중의 하나로서, 유전체 전반에 걸쳐 동시다발적으로 다수의 프로모터 CpG island loci에 DNA 메틸화가 일어난 것을 일컫는다. CIMP는 대장암 톱니모양종양 경로에 특징적인 분자기전이며,  3기 대장암 또는 말기 대장암에서 불량한 예후적 인자로 알려져 있다¹  하지만, CIMP를 진단하기 위한 메틸화 마커패널은 컨센서스 패널이 없고, 연구 그룹에 따라 다양하게 보고되고 있다. ² 또한, CIMP 마커들을 유전체전반적인 접근법을 통해 선정한 시도는 극소수의 연구자그룹에 의해 보고되었다. 따라서, 본 연구진은 대장암 환자의 유전체 DNA methylome 분석결과에 기반하여 새로운 CIMP 진단마커패널 개발을 하려한다. 두가지의 패널을 개발하려고 하는데, 하나는 NGS기반으로 CIMP를 진단하기 위한 500-1000개의 마커들로 구성된 패널과, MethyLight assay를 통해 CIMP를 진단하기 위한, 8개에서 10개의 의 마커로 구성된  패널을 개발하고자 한다. 이를 위해850K DNA methylation assay결과를 기반으로 생물정보학적 기법을 이용하여 methylation phenotype cluster(그림1)에 따른CIMP에 특이적인 DNA메틸화마커들을 발굴하고, 이들로부터 높은 AUC value를 가진10개미만의 마커들로 구성된 CIMP진단 마커패널을 발굴하고자 한다.  MethyLight assay기반에서 기존의 CIMP진단용 마커패널 ³과 본 연구에서 개발한 CIMP진단마커패널의 성능 평가를 진행할 계획이며, MethylationEPIC 생물정보학적 분석결과에 의해 규정된  CIMP와의 일치도에 대한 분석을 진행하고자 하며, 이를 통해 MethyLight assay용 CIMP진단 마커의 민감도를 보완하는 스터디를 진행 중에 있다. 

그림 1 CIMP 진단 마커를 이용한 히트맵  

Reference
[1] Bae, J. M. et al. Distinct clinical outcomes of two CIMP-positive colorectal cancer subtypes based on a revised CIMP classification system. Br J Cancer 116, 1012-1020, doi:10.1038/bjc.2017.52 (2017).
[2] Rhee, Y. Y., Kim, K. J. & Kang, G. H. CpG Island Methylator Phenotype-High Colorectal Cancers and Their Prognostic Implications and Relationships with the Serrated Neoplasia Pathway. Gut Liver 11, 38-46, doi:10.5009/gnl15535 (2017).
[3] Hinoue, T. et al. Genome-scale analysis of aberrant DNA methylation in colorectal cancer. Genome Res 22, 271-282, doi:10.1101/gr.117523.110 (2012).