대장암 환자 샘플에서 얻어진 whole-genome 및 whole-transcriptome sequencing data 분석을 통해 metagenomic signature를 파악하고, 이를 다양한 expression profile 및 clinical information 등과 연계하여 대장암에서 microbiome이 미치는 영향을 조사하고자 합니다.

Figure 1 대장암의 metagenomic signature 분석을 위한 모식도

 대장암 환자 샘플에서 얻어진 원시 데이터 (whole-genome 및 whole-transcriptome sequencing)를 활용하여 human reference genome 또는 transcriptome에 mapping 되지 않는 unmapped reads를 viral reference genome set에 mapping 하여 metagenomic profiling을 수행할 것입니다.

 더불어 이를 somatic 및 germline genomic alteration, gene expression profile, methylation profile, clinical information과 연계 분석하여 대장암의 발병과 진행, 다양한 오믹스 및 임상적 특성과 연관이 있는 microbiome의 특성을 파악할 것입니다.