2020년 정밀의료기술개발사업단 연구 프로젝트 소개

 연구주제

 Multi-layered analysis of driver events along evolution of colorectal cancer

 연구책임자

 박웅양(삼성서울병원)

 핵심연구원

김영욱(삼성서울병원),홍유래(삼성서울병원)

 작성자

 김영욱

  대장암의 원발암 조직과 전이 조직의 single cell sequencing 자료 및 bulk sequencing 데이터를 분석하여 대장암 진화 단계의 키가 되는 유전체적 사건 및 각 사건들의 association된 이벤트들을 임상정보와 연계하여 다각도로 분석하고자 함. 또한 대장암의 전이 및 진화 과정에서 생기는 이질성 (heterogeneity) 및 다양성 (diversity)를 단일 세포 수준에서 lineage tracing을 하여 정교하게 결정하는 분석을 진행하고자 함.

  현재까지 분석 내용: 단일 세포 레벨에서 lineage tracing을 위하여 single cell transcriptome sequencing 데이터에서 mapping depth가 높은 부분의 reads를 추출함. 특히, 이 과정에서 single cell sequencing data QC 과정에서 흔히 분석 없이 버려지는 mitochondrial reads가 단일 세포 수준에서도 variant allele frequency가 통계적으로 유의할 만큼 나오는 것을 확인함. ICGC-PCAWG 연구를 통해 결정된 인간 암의 mitochodnrial DNA 체세포 돌연변이에 대한 자세한 통계적 고려를 동반하여 대장암의 두 가지 진화 모델에 대한 연구를 단일세포에서 진행함

그림. 단일세포 수준에서 미토콘드리아 체세포 돌연변이 양상