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[e-News Vol.10] 프로젝트 No.22 단일세포 전사체 데이터를 활용한 면역세포 eQTL 지도 작성 및 활용 기법 개…
작성자 관리자

 

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2020년 정밀의료기술개발사업단 연구 프로젝트 소개
연구주제
단일세포 전사체 데이터를 활용한 면역세포 eQTL 지도 작성 및 활용 기법 개발
연구책임자
박웅양 소장
(삼성서울병원)
핵심연구원
김인해
(삼성서울병원)
작성자
김인해

 본 연구는 단일세포 전사체 (scRNA-seq) 데이터를 활용하여 변이가 유전자 발현량에 미치는 영향을 예측하는 모델을 각 면역세포 유형별로 개발하고, 개발된 모델에 기반해 특정 변이에 의한 질병의 molecular etiology를 탐색하는 것을 목표로 한다. 이를 위해 두 가지 세부 목표를 달성한다. (그림 1) 먼저 여러 변이를 종합적으로 평가하여 유전자 발현량을 예측하는 모델을 수립한다. 다음으로 발현량 변화가 cell system에 미치는 영향을 평가하기 위해 co-expression network를 구성한다.

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(그림 1) 면역세포 eQTL 지도 작성을 위한 핵심 기술의 개념도 
 
현재 첫 번째 세부 목표를 수행중이다. 발현량 예측 모델을 수립하기 위해 probabilistic modelling을 구현 및 고도화 한다. scRNA-seq을 모방한 simulation 데이터를 기준으로 변이가 유전자 발현량에 미치는 영향력을 어느 정도 정확도로 구분할 수 있는지 평가한다. (그림 2)

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(그림 2) 변이-발현량 관계를 예측하기 위한 모델 및 시뮬레이션 결과


 

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