Methylation marker는 암 특이적인 패턴을 갖고 있음이 보고되어왔다. 

(1) 이를 이용해 혈액에서 몇개의 암 특이적인 진단 마커, 예후 예측용 마커 등이 보고되어왔는데, 대장암 진단에 있어서 기존에 보고된 혈액에서의 methylation markers은 정확도가 평균 70.7%정도 였다.

(2) 정확도가 높지 않았던 이유에서는 마커 자체를 발굴 하는데 있어서 Illumina 사의 27k array / 450k array 또는 Whole geome bisulfite sequencing(WGBS)을 통하여 발굴을 해왔기 때문이다. 기존의 방법들 보다 더 많은 영역을 포함하고 있는 epic 850k array실험을 통하여 대장암의 새로운 마커를 찾아내는 것을 목표로 하고있다. 기존의 methylation marker를 검출하는 방법의 대표적인 실험인 bisulfite sequencing을 이용한 검출 방법은 Input DNA 양이 많이 필요한것으로 알려져 있다. 

(3) 하지만, 또한 혈액에 있는 암 유래 ctDNA는 양이 적으므로, 기존의 방법으로는 검출에 있어서 그 한계점이 존재하였다. 이를 극복하고자 기존의 bisulfite-free assay를 기반 (4)으로 새로운 방법을 고안하였고, 이를 적용하고자 한다.

 Reference

1.Heyn H, Esteller M. DNA methylation profiling in the clinic: applications and challenges. Nat Rev Genet. 2012;13(10):679-92.

2.Lofton-Day C, Model F, Devos T, Tetzner R, Distler J, Schuster M, et al. DNA methylation biomarkers for blood based colorectal cancer screening. Clin Chem. 2008;54(2):414-23.

3.Tanaka K, Okamoto A. Degradation of DNA by bisulfite treatment. Bioorg Med Chem Lett. 2007;17(7):1912-5. 

4.Liu Y, Siejka-Zielinska P, Velikova G, Bi Y, Yuan F, Tomkova M, et al. Bisulfite-free direct detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at base resolution. Nat Biotechnol. 2019;37(4):424-9.