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[e-News Vol.5] 프로젝트 No.10 대장암 메틸화 마커 발굴 및 프로파일링
작성자 관리자

 

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2019년 정밀의료기술개발사업단 연구 프로젝트 소개

 연구주제

 대장암 메틸화 마커 발굴 및 프로파일링

 연구책임자

 김영준(연세대학교)

 핵심연구원 

 김다원(연세대학교) 

 작성자

 김다원

  대장암 발병률은 전 세계에서 3위이며 일반적으로 증상이 거의 없는 초기에 진단되는 환자 비율이 현저히 낮다. DNA methylation은 암 발병의 초기단계에 발생한다고 알려져 있으며 안정성이 높아서 마커로서의 활용도가 높다. 현재 많이 사용되는 대장암 진단 방법은 분변잠혈검사인데 위양성이 높고 조기 대장암에 대해서 정확도가 낮은 한계점이 있으므로 효율이 높은 마커 발굴이 시급하다. 본 연구에서는 환자 임상정보를 활용하여 암 치료 및 예후와 관련된 메틸화 변이를 확인하여 치료 및 예후를 예측이 가능한 마커를 확보하고, 다른 오믹스 데이터와 통합 분석을 진행하여 가장 우수한 조합의 유전체/후성유전체 마커 패널을 선정하고 이를 대장암 진단/치료/예후 예측에 유용한 바이오마커로 활용하고 인과관계 및 메커니즘을 확인하고자 한다.

 

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그림1 암 및 정상 세포에서 DNA 메틸화 패턴. (Varela-Rey M et al, 2013)


조직 내에 존재하는 다양한 cell type methylation marker들을 이용하여 deconvolution algorithm을 통해 각 cell type fraction을 예측하여 cell type-specific reference를 제작하고자 한다이에 대한 validation으로 같은 조직 샘플에서 진행한 single-cell RNA-seq data를 이용하여 정확한 cell type define 하고, 실제 정상 조직과 암 조직의 methylation 차이를 유도하는 cell type 확인, normal tumor phenotype 분리 및 각 cell type 별로 normal에 대비 tumor DMC을 확인하고자 한다.


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그림2 Differentially methylated cell-type 확인 모식도 (Zheng SC et al, 2018)

 

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