2020년 정밀의료기술개발사업단 연구 프로젝트 소개

 연구주제

 단일세포 전사체 분석을 통한 MSI-H 및 MSS 대장암 환자의 특성 비교

 연구책임자

 박웅양 소장(삼성서울병원)

 핵심연구원 

 여진희(삼성서울병원)

 작성자

 여진희(삼성서울병원)

 현미부수체 불안정성 대장암 환자 (MSI-H) 와 현미부수체 안정성 대장암 환자 (MSS) 의 단일세포 레벨에서의 전사체 비교분석을 통해 각 분류군에 따른 특성 확인하고, 또한 분류군 특이적으로 예후를 예측할 수 있는 바이오마커 발굴하고자 함.

 대장암의 대표적 분류군 중 하나인 현미부수체 불안정성 대장암 환자 (MSI-H) 17명과 현미부수체 안정성 대장암 환자 (MSS) 29명의 단일세포 데이터를 생산함.

그림1. 단일세포 전사체 분석에 사용 된 대장암 전체 샘플정보

 전체 샘플들의 단일 세포 전사체 데이터를 사용하여 차원축소 분석을 진행하고, 각 세포유형 별 특이적으로 증감하는 종양미세환경 세포를 확인함. 

그림2. 차원축소 분석을 통해 나타낸 전체 세포의 UMAP과 각 환자별로 나타낸 세포비율 막대 그래프  

 본 연구에서는 대장암 환자들의 현미부수체(Microsatellite) 상태에 따라 환자군을 분류 한 뒤, 단일세포 레벨에서의 전사체 분석과 T세포 및 B세포 수용체 분석을 통해 면역세포 아형들을 비교분석합니다.

미세부수체 상태 군별 환자들의 면역세포 아형들의 비율과 전사체들의 발현정도, 복제 또는 증폭된 CDR3 시퀀스를 갖는 T세포 또는 B세포를 확인하고, 종양세포에 특이적으로 상호작용하는 면역미세환경의 차이를 밝힘으로써 미세부수체 불안정성이 대장암 환자들의 면역요법치료 반응성에 미치는 요인을 찾아 이를 예측할 수 있는 바이오마커를 발굴하고자 합니다.